Issu d’une famille de musiciens, Raphaël Perraud commence l’étude du violoncelle à l’âge de cinq ans au Conservatoire de Valence. Il entre à l’âge de 16 ans au Conservatoire National Supérieur de Musique de Paris dans la classe de Jean-Marie Gamard. Il en ressort trois ans plus tard avec un premier prix de violoncelle et un premier prix de musique de chambre. Il suit alors un cycle de perfectionnement au Conservatoire National Supérieur de Musique de Lyon dans la classe d’Yvan Chiffoleau et suit des masters classes auprès de Janos Starker, Roland Pidoux, Siegfried Palm.

Lauréat de plusieurs concours internationaux, il remporte en 1994 le concours international "Printemps de Prague" ainsi que trois prix spéciaux : le prix d’interprétation de l’oeuvre contemporaine, le prix de la fondation "Printemps de Prague" ainsi que le don d’un violoncelle. La même année, il est recruté par Marek Janowski au poste de deuxième violoncelle solo de l’orchestre Philharmonique de Radio France. 
Il a été l’assistant de Jean-Marie Gamard au Conservatoire National Supérieur de Musique de Paris.

Depuis, il s’est déjà produit en soliste avec l’Orchestre National de France, l’Orchestre Symphonique de Mulhouse, l’Orchestre de chambre de Toulouse, l’Orchestre Philharmonique de la Radio de Prague, l’Orchestre Philharmonique de Pardubice, l’Orchestre de chambre Josef Suk, l’Orchestre Philharmonique de Brno... avec lesquels il a interprété les concertos de Haydn, Dvoràk, St Saëns, Strauss, Brahms, Schostakovitch, Lalo.

Excellent chambriste, il participe à de nombreux festivals aux côtés de, Nicolas Dautricourt, Lise Bertaud, Svetlin Roussef, Deborah Nemtanu, Régis Pasquier, Eric Lesage, Elena Rozanova, Daishin Kashimoto, Georges Pludermacher...
Membre du Quatuor Renoir pendant cinq ans, il a fait plusieurs tournées (Asie du sud-est, Canada, Espagne) et obtenu le prix du Ministère de la Culture en 2003 au concours international de quatuor à cordes de Bordeaux. On a pu ainsi l’entendre dans de nombreuses salles prestigieuses : Théâtre des Champs Elysées, Théâtre du Châtelet, Salle Chopin Pleyel, la Filature à Mulhouse, Grand théâtre de Bordeaux, Rudolfinum de Prague, Opéra de Shanghaï.
Parmi ses enregistrements, on peut citer la Sonate de Claude Debussy avec Laurent Wagshal au piano, ainsi que les trois strophes sur le nom de Sacher d’Henri Dutilleux enregistrées en présence du Maître dans le cadre du festival "Sonates d’Automne". Il a pour projet d’enregistrer les deux sonates de Gabriel Fauré.

En 2005, sous la présidence de Kurt Masur, il à été nommé violoncelle super soliste de l’Orchestre National de France.